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产品介绍

背景介绍

• 染色体畸变广泛存在于各类基因组病、肿瘤等疾病中。如在流产胚胎中，50%以上存在染色体非整倍体、微缺失与微重复等染色体畸变。传统的染色体畸变的检测方案包括核型分析、染色体微阵列分析等，但存在成本高、精度低等缺点。
• 全基因组低深度测序是近年来发展起来的一种高效的染色体畸变检验方案，它是以二代测序技术为基础，在较低的测度覆盖底情形下，通过对测序片段的分布统计学分析来判断染色体畸变，兼具分辨高、结果准确、成本低廉等优势。

技术原理

• 采用质控合格的基因组DNA，制备二代测序文库并上机测序，通过生物信息学分析获得待检样本中23条染色体的倍型、微缺失与微重复等染色体畸变结果。

特色与优势

产品特点

• 测序深度低：0.1x-0.5x测序覆盖度即可满足生物信息学分析要求
• 独创分析模型：独有的生物信息学分析型模型，在上述测序深度下，可获得与传统1x-5x覆盖度等效的分析结果。
• 分辨率高：可实现23条染色体非整倍体与100kb以上微缺失与微重复的检验
• 准确性高：检验结果与国家参考品盘一致率100%。

适用人群

• 自发性流产和复发性流产原因排查
• 智力发育障碍、行为障碍（自闭症样谱系障碍）原因排查
• 生长发育障碍（如发育迟缓、小头畸形、矮小症等）原因排查

流程与参数

实验流程

• DNA提取与质控：常规提取基因组DNA，浓度不低于10ng/uL。提取的基因组DNA采用本公司21、18、13和性染色体倍型检测试剂盒（荧光PCR-毛细管电泳法）试剂盒进行质控，排除母源细胞污染与无关个体污染。（重要！！！：此为全基因组低深度测序的必须步骤）
• 二代测序文库制备：依据本试剂盒产品说明书，制备二代测序文库（重要！！！：针对不同的二代测序平台，提供对应的文库制备试剂盒）
• 上机测序：参照相应的二代测序平台，按要求将相应的文库上机测序。
• 生物信息学分析与报告：采用本公司独有的生物信息学分析流程进行分析与报告。

适用样本

• 适用于各类临床样本所提取的基因组DNA，包括静脉全血、脐血、唾液脱落细胞、羊水、绒毛膜等。DNA浓度不低于10ng/uL。
  

分析结果展示

图1 - 嵌合型21三体综合征（10%）检验结果

图2 - 微缺失与微重复检验结果

常见问题​

Q1. 本试剂盒相较核型分析的优劣有哪些？

• 核型分析仍是产前诊断中心的基础技术手段，用于染色体整倍体改变、染色体非整倍体、大的微缺失或微重复（10Mb以上）、染色体倒位与易位等染色体畸变的检验。
• 全基因组低深度测序在染色体非整倍体检验能力与与核型分析的检出率与准确性相当，在微缺失与微重复检验上相较核型分析具有更高的分辨率，可检出100Kb以上的微缺失与微重复。在嵌合型非整倍体检验能力上，可检出5%以上的染色体嵌合。
• 通过本试剂盒对流产物的检验，可推断父母是否为染色体平衡易位携带者。
• 本试剂盒不能检出染色体整倍体改变和染色体倒位。

Q2. 本试剂盒相较CMA芯片的优势有哪些？

• CMA芯片可用于染色体整倍体、非整倍体、微缺失与重复检验；可检出30%或以上的非整倍体嵌合；可检出单亲同二体、LOH等，不能检出单亲异二体。
• 全基因组低深度测序在非整倍体检出率与准确性上与CMA芯片相当；在特定位置上微缺失与重复的检出能力低于CMA芯片，但由于测序片段分布的随机性，全基因组低深度测序可检出CMA芯片探针未覆盖区域的100Kb以上的微缺失与微重复；在嵌合型非整体检验能力上，全基因组低深度测序显著优于CMA芯片，可检出5%以上的嵌合型非整倍体。
• 全基因组低深度测序技术不能检出单亲二倍体、LOH等。

Q3. 全基因组低深度测序可替代核型分析和/或CMA芯片吗？​

• 不同的染色体畸变检验方案具有不同的独特优势。并不具备一种技术完全替代另一种技术的可能性。但在不同技术方案的选择上，具有先后顺序的选择性。
• 在全基因组低深度测序或CMA检验时，均需要通过QF-PCR技术（如本公司21、18、13和性染色体倍型检验试剂盒，或本公司的单亲二倍体检验试剂盒）对检验样本进行质控，因此：
• 联合本试剂盒与本公司21、18、13和性染色体倍型检验试剂盒：可解决染色体整倍体（包括全基因组单亲二倍体如葡萄胎等）、非整倍体、嵌合型非整倍体、微缺失与微重复；同时可排除母源细胞污染的影响；对于该方案检验阴性的样本可考虑再行核型分析或CMA芯片。
• 联合本试剂盒与本公司的单亲二倍体验试剂盒：相较上述方案，可进一步解决致病性单亲异二体、单亲同二体。

Q4. 使用本试剂盒应注意哪些问题？

• 关于样本质控：无论是使用本公司的全基因组低深度测序试剂盒，或是其它的CNVseq、或CNVseq plus或CMA芯片进行检验前，均需要采用QF-PCR技术（如本公司21、18、13和性染色体倍型检验试剂盒），对待检基因组DNA进行质控，以排除样本的母源细胞污染、无关个体污染。此为前提步骤。
• 关于测序文库构建：当前主流的三种二代测序平台，相应的测序文库构建方案相互间存在一定差异，应依据自身的二代测序平台，选择适应该测序平台的本试剂盒。
• 关于测序数据量：无论采用何种二代测序平台，使用本试剂盒时，平均测序深度不应超过1x，推荐0.1x-0.5x。
• 关于生物信息学分析：采用本试剂盒获得的二代测序数据，必须采用本试剂盒配套的、本公司独有的生物信息学分析流程进行分析与报告。